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Eder bestritt zwischen 1974 und 1988 insgesamt 286 Bundesligaspiele für den FC Nürnberg und den FC Bayern München. Mit dem Rekordmeister gewann er drei deutsche Meisterschaften in Folge (1985-1987) sowie den DFB-Pokal (1996).
Mit der deutschen Nationalmannschaft nahm er an der Weltmeisterschaft 1986 in Mexiko teil. Bei der 2:3-Finalniederlage gegen Argentinien stand er über 90 Minuten auf dem Platz. „Das Finale war trotz der Niederlage das absolute Highlight meiner Karriere und wohl auch mein bestes Spiel bei dem Turnier“, sagte Eder später. Insgesamt trug der Abwehrspieler neun Mal das Trikot der Nationalmannschaft.
Nach seiner Profi-Karriere trainierte Eder verschiedene Amateur-Klubs, unter anderem den TSV 1860 Rosenheim. Gemeinsam mit seiner Frau betrieb er seit 1999 außerdem einen Blumenladen in der Nähe von Rosenheim.